当机动车与非机动车发生事故并被认定为主次责任时，保险公司的理赔流程通常遵循以下步骤，并依据相关法律规定进行赔偿：

### 一、理赔依据

机动车与非机动车交通事故主次责理赔的主要法律依据是《道路交通安全法》第七十六条。该条规定，机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故，非机动车驾驶人、行人没有过错的，由机动车一方承担赔偿责任；有证据证明非机动车驾驶人、行人有过错的，根据过错程度适当减轻机动车一方的赔偿责任；机动车一方没有过错的，承担不超过百分之十的赔偿责任。在司法实践中，一般主责方承担70%\~80%的赔偿责任，次责方承担20%\~30%的赔偿责任。

### 二、交强险赔偿

- 有责任赔偿：如果机动车有责任，交强险将赔偿非机动车方最高12.1万元，其中包括1.1万元的死亡伤残赔偿、1万元的医疗费用赔偿，以及2000元的财产损失赔偿。
- 无责任赔偿：如果机动车无责任，交强险将赔偿非机动车方1.21万元。

### 三、商业险赔偿

交强险赔偿之后，不足的部分将由商业险按照责任比例进行赔偿。主责方（机动车）通常承担70%\~80%的责任，次责方（非机动车）承担20%\~30%的责任。具体赔偿金额根据实际损失和保险条款确定。

### 四、赔偿项目

赔偿项目包括但不限于医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金等。医疗费按实际发生金额计算，误工费根据受害人误工时间和收入状况确定。其他如护理费、残疾赔偿金等也需根据相应标准和实际情况进行计算。

### 五、理赔流程

1. 报案：事故发生后，及时向保险公司报案，并提供相关事故证明和损失证据。

2. 定损：保险公司将对事故进行定损，确定损失金额。

3. 赔偿：根据交强险和商业险的赔偿规定，保险公司将按照责任比例进行赔偿。

4. 协商或诉讼：如果双方对赔偿金额有异议，可以进行协商或通过诉讼途径解决。

### 六、注意事项

- 保留好相关证据，如事故现场照片、医疗诊断证明等，以便后续理赔。
- 了解自己的保险条款和赔偿规定，以便更好地维护自己的权益。
- 如果对理赔流程或结果有疑问，可以及时咨询保险公司或专业人士。

综上所述，机动车与非机动车主次责任保险公司的理赔流程涉及多个方面，包括法律依据、交强险赔偿、商业险赔偿、赔偿项目以及理赔流程等。在处理此类事故时，建议双方保持冷静，及时报案，并遵循相关法律法规和保险公司的规定进行理赔。