您好，关于您提出的“儿子和爸爸户口不在一起是否有继承权”的问题，我可以给您一个清晰且详细的解答。

首先，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，继承权是男女平等的，且遗产的继承顺序有明确的规定。第一顺序继承人包括配偶、子女、父母，而子女这一范畴涵盖了婚生子女、非婚生子女、养子女以及有扶养关系的继子女。当继承开始时，会优先由第一顺序继承人继承，只有在第一顺序继承人不存在的情况下，才会由第二顺序继承人继承。

接下来，针对您的具体问题，子女的继承权与其是否在户口本上并没有直接的关联性。也就是说，即使儿子和爸爸的户口不在一起，只要儿子没有丧失继承权（比如因某些法律行为或约定导致继承权被剥夺），且他属于父母遗产继承的第一顺位继承人，那么他的继承权就是受法律保护的，不能被随意剥夺。

不过，有一点需要注意的是，如果儿子的户口不在农村，那么他可能无法合法继承父母遗留的宅基地。这是因为宅基地属于农民集体所有，这一规定主要是为了保障农村集体的土地权益，并确保土地资源的合理利用。

综上所述，户口不在一起并不影响儿子对爸爸遗产的继承权，但如果是涉及农村宅基地的继承，则需要考虑户口因素。希望这个解答能够帮到您，如果还有其他问题，欢迎随时咨询。