1. 表见代理情况：如果债权人因信赖公章而出借资金，即使公司声称该借款并非其真实意思表示，也可能因为盖章行为构成表见代理而难以免责。表见代理是指行为人虽无权代理，但由于行为人的某些行为造成了足以使善意第三人相信其有代理权的表象，而与善意第三人进行的、由被代理人承担法律后果的代理行为。
2. 公章被盗用、冒用情况：如果公司能够证明公章是被盗用或冒用的，那么公司可能无需承担还款责任。但这需要公司提供充分的证据来证明这一事实。
3. 恶意串通情况：如果债权人与公司内人员恶意串通，损害公司利益，那么公司也可能无需承担还款责任。同样，这需要公司提供证据来证明恶意串通的事实。
4. 借款用途的考量：即便借条上盖有公司公章，如果公司有证据证明该笔借款并未用于公司经营，而是被个人挪用，公司也有一定的抗辩理由。但这并不意味着公司可以完全免责，仍需根据具体情况来判断。
综上所述，借条上盖有公司公章，公司通常要承担还款责任。但具体责任还需根据借款行为的真实情况、公章的使用情况以及借款用途等多方面因素来综合判断。如果你在这方面遇到了具体的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。