关于信用卡逾期被秒扣款是否能申请回来的问题，这主要取决于具体的扣款情况以及相关的银行政策。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般情况下难以追回：信用卡逾期后，银行有权根据合同约定从持卡人的关联账户中扣收欠款。这种扣款行为通常是依据双方签订的信用卡领用合约进行的，且合约中往往明确了逾期还款的相关责任和后果。因此，在大多数情况下，一旦款项被扣收，是难以申请退回的。

2. 特殊情况下可能有机会：尽管一般情况下难以追回，但在某些特殊情况下，如银行系统出现故障导致错误扣款，或者银行在未经持卡人同意的情况下擅自扣划非逾期款项等，持卡人是有权要求银行进行纠正并退还错误扣款的。此外，如果持卡人能够证明银行在扣款过程中存在违规行为或侵犯了其合法权益，也可以通过法律途径寻求救济。

3. 建议与银行协商：无论何种情况，如果持卡人对扣款有异议，都应及时与银行取得联系，说明情况并提出自己的诉求。银行会根据具体情况进行核实和处理，如果确实存在错误或不当扣款，银行会依法进行纠正。

4. 注意保留证据：在与银行协商的过程中，持卡人应注意保留相关证据，如扣款记录、银行对账单、通话录音等，以便在必要时证明自己的主张。

综上所述，信用卡逾期被秒扣款后能否申请回来，取决于具体的扣款情况以及银行政策。在大多数情况下，款项一旦被扣收是难以退回的，但在特殊情况下可能有机会。因此，建议持卡人在遇到此类问题时，及时与银行取得联系并保留相关证据，以便维护自己的合法权益。